分子互作實驗：RIP(RNA免疫沉淀）

一、技術簡介

RIP（RNA Immunoprecipitation，RNA免疫沉淀）技術是一種用于研究細胞內RNA與蛋白質相互作用的關鍵實驗方法，能夠揭示RNA結合蛋白（RBP）在轉錄后調控中的功能機制。

二、技術原理

RIP利用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來，通過分離純化，對結合在復合物上的RNA 進行RT-PCR驗證或測序分析，結果更具生物學說服力。

三、應用場景

1.基礎機制：解析RNA結合蛋白（如AGO2、Polycomb復合物）的功能及RNA調控網絡。

2.疾病研究：比較疾病與正常樣本中RNA-蛋白互作差異，發現潛在生物標志物（如癌癥相關lncRNA）。

3.藥物開發：評估藥物對RNA-蛋白互作的影響，加速靶點篩選。

四、技術優勢

1.靈敏度較高：可檢測低豐度RNA與蛋白的微弱相互作用。

2.動態范圍廣：從少量細胞（如5×10?個）到復雜組織樣本均適用。

3.多組學聯用：結合RNA-Seq、CLIP-Seq或ChIP-Seq，構建多維調控網絡。

五、樣本類型

新鮮細胞（貼壁細胞/懸浮細胞）、凍存細胞、凍存組織、交聯后細胞樣本。

六、樣本需求

細胞樣本：約1×10^7個（可以是1個10cm皿，或以懸浮細胞形式存儲于離心管中，或1個T75瓶）；

凍存組織：約70mg；交聯細胞樣本：使用1%甲醛交聯處理細胞。

七、樣本準備&運輸

活細胞樣本：距離較近的可以將養在皿/T75瓶/離心管內的新鮮細胞樣本常溫快遞（最遲次日達）運輸，本市內可閃送或親自遞送，距離較遠的，可-80℃凍存細胞干冰運輸；

組織樣本&交聯后細胞樣本：-80℃凍存干冰運輸。

八、需提供的試劑

檢測用ChIP級抗體。

九、實驗周期

1-2周（不包含測序）

十、其他

后續檢測選擇RT PCR時，需提供后續檢測的位點。

甲醛交聯細胞具體步驟：①在細胞皿中加入終濃度為1%的甲醛，37℃孵育10分鐘；②使用含[1mM PMSF，1μg/ml抑肽酶和1μg/ml pepstatin A]的冰冷DPBS洗滌細胞兩次。③將細胞刮入含有蛋白酶抑制劑的2ml冰冷的DPBS中，并轉移到離心管中，凍存寄送。