分子互作實驗：ChIP染色質免疫共沉淀

一、技術簡介

ChIP（染色質免疫共沉淀）是一種研究蛋白質與DNA相互作用的關鍵技術，廣泛應用于轉錄因子結合位點鑒定、表觀遺傳修飾分析等領域。

二、技術原理

利用抗原抗體的特異性結合，將與目的蛋白相結合的DNA片段沉淀下來，能夠真實地反映結合在DNA序列上的調控蛋白。

三、應用場景

1.轉錄調控研究：鑒定轉錄因子（如p53、NF-κB）的DNA結合位點。

2.表觀遺傳學：分析組蛋白修飾（如H3K27me3）在基因沉默中的作用。

3.疾病機制：探索癌癥中異常蛋白（如MYC）的基因組結合模式。

4.可與qpcr、seq等技術聯用。

四、技術優勢

ChIP通過甲醛交聯捕獲細胞內真實狀態下蛋白質與DNA的動態結合，避免體外實驗的假陰性或假陽性，尤其適合研究轉錄因子等短暫結合事件。而特異性抗體可又精準富集目標蛋白結合的DNA片段，結合qPCR或測序（ChIP-seq）實現低至千細胞級別的檢測（如優化試劑盒），靈敏度顯著，且具有廣泛適用性。

五、樣本類型

新鮮細胞（貼壁細胞/懸浮細胞）、凍存細胞、凍存組織、交聯后細胞樣本。

六、樣本需求

細胞樣本：約1×10^7個（可以是1個10cm皿，或以懸浮細胞形式存儲于離心管中，或1個T75瓶）；

凍存組織：約70mg；

交聯細胞樣本：使用1%甲醛交聯處理細胞。

七、樣本準備&運輸

活細胞樣本：距離較近的可以將養在皿/T75瓶/離心管內的新鮮細胞樣本常溫快遞（最遲次日達）運輸，本市內可閃送或親自遞送，距離較遠的，可-80℃凍存細胞干冰運輸；

組織樣本&交聯后細胞樣本：-80℃凍存干冰運輸。

八、需提供的試劑

檢測用ChIP級抗體。

九、實驗周期

1-2周（不包含測序）

十、其他

后續檢測選擇RT PCR時，需提供后續檢測的位點。

甲醛交聯細胞具體步驟：①在細胞皿中加入終濃度為1%的甲醛，37℃孵育10分鐘；②使用含[1mM PMSF，1μg/ml抑肽酶和1μg/ml pepstatin A]的冰冷DPBS洗滌細胞兩次。③將細胞刮入含有蛋白酶抑制劑的2ml冰冷的DPBS中，并轉移到離心管中，凍存寄送。